זמן קצר לאחר תום השואה קיבל הרב יצחק הרצוג אישור מיוחד לבקר במנזרים נוצריים ולחפש ילדים יהודים. אולם בשל התנגדות של הכמרים שניהלו את המוסדות, הרב קיבל מספר דקות בודדות בכל בית יתומים או מנזר, והתקשה לבדוק מי מבין מאות הילדים היה יהודי. עד שלבסוף הוא מצא תוכנית מקורית: הוא נעמד במרכז בית היתומים וצעק "שמע ישראל". חלק מהילדים, שעדיין זכרו את יסודות יהדותם שקיבלו מהוריהם, מיררו בבכי וצעקו "מאמע, טאטע...".
לפני מלחמת העולם השנייה, פעלו בפולין למעלה מ-400 מנזרים שהפעילו בתי יתומים ומוסדות לילדים נטושים. כשפולין נכבשה על ידי הנאצים ב-1939, חלק מאותם מנזרים הפסיקו לתפקד, אך גם באלו שכן המשיכו לפעול, החיים תחת הכיבוש הנאצי וברקע המלחמה נתנו את אותותיהם. קשה היה להזין כל כך הרבה נפשות, הצפיפות במנזרים הגיעה לשיא, וגם רמות התחלואה עלו בהעדר רופאים ותרופות.
באותם מוסדות לילדים, הנזירות היו אמונות על גידול הילדים כדי שיהפכו בסופו של יום לנוצרים קתולים טובים לתפיסתם. באותו זמן, בגטו ורשה, פעל זֶ'גוֹטָה - ארגון פולני שהוקם על ידי פולנים לעזרתם של יהודים.
אחת מחברות הארגון הייתה אירנה סנדל, לימים חסידת אומות העולם, שהגיעה עם רעיון להבריח ילדים יהודים מהגטו ולהעביר אותם למנזרים, בתי יתומים ומשפחות אומנה פולניות. תוך סיכון עצמי עצום, סנדלר הקפידה לתעד במפורט מיהם הילדים שהבריחה מהגטו ואיזה שם בדוי העניקו לו, כך שהוריו יוכלו למצוא אותו בתום המלחמה.
סנדלר הצילה כך 2,500 ילדים יהודים, ואף שנאסרה ועונתה על ידי הגסטפו ב-1943 כדי שתמסור את שמות הילדים שהצילה, היא לא נשברה.
למות על קידוש השם
סיפורה של סנדלר, למרות סיומו ההירואי, נוגע בנקודה רגישה ומורכבת עבור יהודים רבים: האם להסתכן במסירת ילד לקהילה שעשויה להמיר את דתו, או להשאיר אותו בתוך הקולקטיב היהודי גם במחיר של אובדן חייו?
מארכיון "עונג שבת", שפעל בתוך גטו ורשה בניהול עמנואל רינגלבלום, אנחנו למדים על חיי היהודיים בפולין תחת שליטה נאצית והכרוניקה של גטו ורשה. על פי הארכיון, בעלי אמצעים שומרי מצוות, שהיו יכולים להרשות לעצמם לממן את החזקת הילדים במנזר, שללו זאת מכל וכל. גם בקרב יהודים לא דתיים התנהל ויכוח ער בנושא והועלו ספקות בנוגע לתוכנית העברת הילדים למנזר, מתוך חשש לזהותם העתידית. אחד המשתתפים טען שיש לנהוג במקרה זה כפי שנהגו בדורות קודמים, כלומר למות על קידוש השם.
המטרופוליט (בישוף) אנדריי שפטיצקי, שהיה ביחסים טובים עם יהודי לבוב, הבטיח שוב ושוב לקהילה כי לא ינסה להמיר את דתם של הילדים, וכי הם יהיו בחדרים משלהם וללא מגע עם הכמרים והנזירות. הרב דוד כהנא, אשר מצא מחסה במנזר של שפטיצקי, וכך גם חלק מילדיו - ניצל. רעייתו, אשר סירבה למסור לבישוף את תינוקה, נספתה עמו בשואה.
התהום שפעורה בין היהדות לבין הנצרות היא ארוכה והיסטורית. בתקופות ותיקות יותר יהודים העדיפו לאבד את ילדיהם במו ידיהם ובלבד שלא יפלו בידי הנוצרים, שימירו את דתם. קינות רבות שאומרים עד היום בתשעה באב מתייחסות למסירות הנפש הגדולה הזו. ואפשר להגיד שאותם סיפורים נטמעו בתוך ה-D.N.A שלנו.
כך או כך, ילדים יהודים רבים הגיעו למנזרים במלחמת העולם השנייה. אולם גם אז לא תמו הבעיות. למשל, כשהגיע רגע ההכנה ל"קומוניה", טקס הכולל הטבלה לנצרות, המחשבה הראשונה הייתה לסנן את הילדים היהודים מההכנות כדי שלא יוודע שהם יהודים. אולם מצד שני, הנזירות והצוות שמטפל בילדים יידע שהם לא הוטבלו והדבר עלול לעורר חשד ולסכן את כל המנזר אם הדבר יתגלה לגרמנים. כיוון שכך, למרות ההבטחות חלק מהילדים עברו הטבלה וקיבלו זהות חדשה.
חזרה מהמלחמה, אך לא תמיד לדת
בתום המלחמה ומתוך השברים שנותרו מהשואה, לא תמיד היה אל מי לחזור. חלק גדול מההורים שמסרו את ילדיהם למנזרים נספו בעצמם. אך גם אלה שהוריהם חזרו לא תמיד רצו לעזוב את המוכר ולשוב אל הלא נודע. לא פעם היו ילדים שהתעקשו, החזיקו את הצלב ולא רצו לעזוב בשום פנים ואופן את המנזר.
גם מצד תפיסת העולם הנוצרית התעוררו קשיים להשיב את הילדים היהודיים למשפחתם. זאת כיוון שהדת הנוצרית ראתה אותם כילדים ש"נגאלו".
לפני כשני עשורים התלקחה מהומה בעיתון איטלקי בשם "קוריירה דלה סרה", לאחר שמאמר ציטט מסמך שנכתב באוקטובר 1946 ובו נמסר לכאורה על כוונת הוותיקן להחזיק באותם ילדים יהודים אשר הוריהם, או מוסדות יהודיים, ביקשו להשיבם אליהם. רשויות הכנסייה הצרפתיות החליטו להמשיך ולהחזיק ברשותם את הילדים היהודים אשר הוטבלו לנצרות.
האומדן המספרי של הילדים העקורים באירופה עומד על עשרות אלפים עד כ-200,000. מתוכם 75,000 יתומים - חלק לא ידוע מהם נותרו בחסות הדת הנוצרית והגיעו למנזרים ולמשפחות. מספר הילדים שהצליחו להגיע אליהם אחרי השואה, לחשוף את זהותם ולהוציא אותם מהמנזר עומד על כ-1,500 בלבד.
שלוש פניות נעשו לאחר המלחמה על ידי גופים יהודיים אל האפיפיור כדי לטפל בנושא השבת הילדים האבודים לחיק היהדות. אולם בכל פעם האפיפיור ביקש מידע על הילדים מאת הגורמים היהודיים, שאיננו בנמצא. הפנייה השלישית, ביוזמת הרב הראשי לארץ ישראל הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג (סבו של הנשיא המכהן יצחק הרצוג, שנקרא על שמו) בשנת 1946, זכה להצהרת האפיפיור שפנה אל ראשי המנזרים לשתף עם הרב פעולה בחשיפת ילדי המנזרים היהודים.
מיד לאחר ביקור זה יצא הרב הרצוג לסיור בקהילות היהודיות שחרבו, במאמץ לשכנע רשויות קתוליות לסייע לו בהשבת הילדים. לדברי בנו, יעקב הרצוג, המשימה הושלמה בהצלתם של 1,000 ילדים, שלא תמיד היה ניתן להשיבם בקלות אל ביתם ודתם.