עימותים קשים התפתחו הלילה (בין רביעי לחמישי) בשכם בין מתפרעים פלסטינים לבין כוחות צה"ל שאבטחו כניסת מתפללים יהודים למתחם קבר יוסף. העימותים כללו הבערת צמיגים, יידוי בקבוקי תבערה והשלכת מטענים לעבר כוחות צה"ל ודחפורים צבאיים. ראש מועצת שומרון, יוסי דגן, תקף את הממשלה: "אנחנו מצפים שיהיה מענה חזק ונחוש של כבוד לאומי, של בנייה והתיישבות, אל מול הטרור".
הסהר האדום דיווח על פלסטיני שנפצע קשה בראשו מפצצת גז ופונה לבית החולים בשכם. בנוסף, דווח על 70 פצועים קל משאיפת גז מדמיע. כמו כן, במקום יש מטענים מאולתרים שהמתפרעים הכינו בניסיון לפגוע בכוחות צה"ל.
באוגוסט אירעו עימותים דומים כשחיילים נכנסו לעיר על מנת לאבטח מתפללים יהודים בקבר יוסף - קצין ו-3 לוחמי צה"ל נפצעו בינוני וקל. הכוח נתקל בירי, יידוי מטענים והפעלת מטען רב עוצמה. הכוח שנפגע חולץ תחת אש. אף על פי כן - כניסת המתפללים התקיימה כמתוכנן.