מתוך שורת המחדלים הארוכה של 7 באוקטובר, אחד הבולטים הוא היעדר כלי טיס שיגיבו על הפלישה ההמונית לשטח ישראל. אמש (שלישי) חשפנו במהדורה המיוחדת לציון שנתיים למלחמה את ההוראות השגויות שהתקבלו בחיל האוויר באותו בוקר. בהערכת המצב בשעה 7:40 בבוקר – שעה ו-11 דקות לאחר פתיחת המתקפה, פקד הרמטכ"ל הרצי הלוי על החיל לפגוע ב"מטרות עוצם", כלומר תשתיות של חמאס בעומק הרצועה, כדי לייצר "פגיעה תודעתית". הכוונה היא למוטט בניינים גבוהים ולפגוע בתחנות שידור ובמוקדי הסתה – ככל הנראה המטרות הפחותות ביותר בחשיבותן בשעה שמחבלי חמאס טובחים באזרחים בעוטף.
בגלל מיעוט המטוסים הזמינים באוויר, ההוראה לא יצאה אל הפועל. אך עצם ההוראה מלמדת עד כמה תמונת המצב פשוט לא הייתה קיימת באותו זמן בצמרת צה"ל. זו לא הייתה ההוראה הבעייתית היחידה שניתנה באותו זמן; בין היתר, נתניהו ביקש לחסל את בכירי חמאס עם תחילת המתקפה ופיקוד הדרום הכריז על "חרב דמוקלס", כלומר פגיעה במשרדים, רכוש ובתים של בכירי חמאס.
גם הכרזת "פרש פלשת" באוגדת עזה לא התבצעה באופן יעיל. בנוסף, רבות מהמטרות שניתנו לחיל האוויר היו במנהרות. חיל האוויר עצמו לא הפעיל שיקול דעת עצמאי ולא תקף את המוני המחבלים שחצו את המכשול בדרך ליישובי העוטף. מעט המטוסים שהיו זמינים לחיל באותו בוקר לא הופעלו כנדרש.
בחודש פברואר האחרון הוצג תחקיר צה"ל על תפקוד חיל האוויר ב-7 באוקטובר. בלילה הדרמטי שלפני פשיטת חמאס לא היה מפקד חיל האוויר, האלוף תומר בר, שותף להתייעצויות הליליות שקיימו בכירי הצבא ולכן החיל בראשותו לא התכונן לתרחיש של פשיטה. בשעה 03:30 לפנות בוקר הוחלט להסיט כטב"ם אחד מאזור יהודה ושומרון לעבר עזה. בסך הכול שני כטב"מים בלבד היו מעל הרצועה בשעות שלפני המתקפה.
בשעה 06:29, עם תחילת הפשיטה, חיל האוויר עדיין היה במצב שגרה. בשעה 07:10 הכריז מפקד חיל האוויר על מצב מלחמה והקפיץ את כל החיל, כשבשלב הזה כבר היו 1,175 מחבלי נוח'בה בשטח ישראל. בשעה 09:30, אחרי שלוש שעות, החליט מפקד חיל האוויר על שינוי המדיניות והורה לתקוף במרחב הגדר - קילומטר לשטח ישראל, וקילומטר לשטח הרצועה. התוצאה: אלף מחבלים חוסלו, אבל גם מספר מקרים שבהם אזרחים ישראלים נהרגו במהלך הניסיון לחטוף אותם.
עד השעה 11:00 ביצע חיל האוויר 50 תקיפות ממטוסי קרב, 50 תקיפות ממסוקי קרב (מסק"רים), ו-50 תקיפות כטב"ם. ולמרות כל זאת, אחרי שנחשף לממצאי התחקיר, אמר מפקד חיל האוויר למקורביו: "מה שלא היינו עושים, ללא מודיעין והיערכות מקדימה, לא היינו יכולים למנוע את האסון אלא רק לצמצם את הנזק".