צה"ל והשב"כ אישרו הערב (שבת) רשמית שמוחמד סינוואר, ראש הזרוע הצבאית של חמאס, חוסל בתקיפה בח'אן יונס ב-13 במאי. לפי צה"ל והשב"כ, באותה התקיפה חוסלו גם המחבלים מחמד שבאנה, מפקד חטיבת רפיח בחמאס ומהדי כוארע, מפקד גדוד דרום ח'אן יונס בארגון הטרור הרצחני.
המחבלים חוסלו בעת ששהו במתחם פיקוד ושליטה תת-קרקעי, מתחת לבית החולים האירופי שבח'אן יונס, תוך שהם מסכנים את האוכלוסייה האזרחית בבית החולים ובסביבתו. התקיפה בוצעה בידי פיקוד הדרום וחיל האוויר, בהכוונה מודיענית מדויקת של אמ"ן והשב"כ, תוך קבלת החלטות מורכבות שלקח הרמטכ"ל וראש השב"כ בזמן אמת.
כחלק מהתקיפה נעשו פעולות מודיעיניות רבות כדי לדייק את נקודות התקיפה ולאפשר פגיעה מדויקת אשר תצמצם ככל הניתן פגיעה באזרחים במרחב. תפקוד בית החולים לא נפגע כתוצאה מהתקיפה. סינוואר היה מהבכירים והוותיקים בזרוע הצבאית של חמאס, והיה חלק ניכר בתכנון והוצאה לפועל של הטבח הרצחני ב-7 באוקטובר, שבו שימש כראש מטה המבצעים.
לאחר חיסולו של מחמד דף, מוחמד סינוואר מונה בידי אחיו יחיא סינוואר, לתפקיד ראש הזרוע הצבאית והיה גורם משפיע ומרכזי בקבלת ההחלטות של תנועת חמאס ובהתווית אסטרטגיה ומדיניות לזרוע הצבאית. כמפקד הזרוע הצבאית של חמאס, קידם תהליכים רבים למען שיקומה ופעילותה של הזרוע הצבאית. בעברו, שימש כמפקד חטיבת ח'אן יונס וראש מטה המבצעים של הזרוע הצבאית, והיה מעורב בתכנון חטיפת גלעד שליט ובהחזקתו בשבי.
שר הביטחון ישראל כ"ץ מסר: "עז א-דין אל-חדאד בעזה וח'ליל אל-חיה בחו"ל - וכל שותפיהם לפשע - אתם הבאים בתור. ידה הארוכה של ישראל תשיג את כל מי שאחראים למעשי הרצח והזוועה של ה-7 לאוקטובר בכל מקום קרוב או רחוק בו יהיו עד לחיסולם המוחלט".
ש', דסקאית במרחב דרום בשב"כ, שהשתתפה במבצע לחיסול סינוואר, סיפרה: "עקבנו אחר פעילותו של סינוואר, עד שקיבלנו אינדיקציה ייחודית שהביאה לחלון הזדמנויות, והצריכה פעילויות מהירות של כלל הגופים במערכת הביטחון. סינוואר היה מאדריכלי הטבח של 7 באוקטובר, הסיכול שלו מהווה פגיעה ניכרת בחמאס. הידיעה שהעבודה המאומצת שלנו מתרכזת ברגע אחד מלאה במשמעות".