הוועדה לפטור מארנונה בעיריית ירושלים מחלקת פטורים או הנחות משמעותיות לעמותות וארגונים שהגישו בקשה. מהפרטוקולים של שני הדיונים האחרונים של הוועדה עולה כי חברי הוועדה ממהרים לפסול ארגונים ליברליים, ערביים ונוצריים בעוד שישיבות, כוללים וארגונים חרדיים קיבלו ברוב המקרים פטור מארנונה. 27 מתוך 31 ארגונים חרדים שהגישו בקשה לפטור מארנונה - אכן קיבלו אותו.אלה חלק מהגופים שקיבלו פטור מארנונה מעיריית ירושלים לשנת 2025:הקרן למורשת הכותל ישיבת הכותל ישיבת הר המור פורום קהלת כולל אברכים ויואל משה מוסדות כתר מלכות ברסלב חינוך וחסד מנחת החינוך להשםוזו רשימה חלקית של עמותות שעיריית ירושלים מסרבת לתת להם פטור: הגן הארכיאולוגי עין יעל, רשות הרבים, ארגון לגעת ברוח הדואג לרווחת סטודנטים, יד ביד - עמותה הפועלת לקירוב בין יהודים לערבים, עמותת יבוס, מרכז רוסינג, שתילים ועוד.לפי נתונים שנאספו על ידי לובי 02, ומפורסמים לראשונה ב-N12, עולה כי 82.1% מהעמותות שלא יקבלו פטור ארנונה הם: גופים ליברליים, ארגונים יהודים-ערבים או ערבים ונוצרים. לעומת זאת, רק 17.9% מהסירובים לפטור מארנונה הם עבור גופים חרדים או תורניים.אפרים דמבוריץ, חבר ב'לובי 02' שפועל למען הציבור הליברלי בירושלים אמר בשיחה עם N12: הנחות ופטור מארנונה הם כלי של העירייה לייצר מצפן למי מגיע הטבות. ברגע שרוב העמותות שמעניקות סיוע לתושבי מזרח ירושלים, לקהילה הנוצרית, וארגונים ליברליים נשארים בחוץ - זאת אמירה שלקהילות האלו אין מקום בעיר הבירה והן לא זוכות ליחס הוגן מצד העירייה.תגובת יוסי חביליו, סגן ראש עיריית ירושלים (האיחוד הירושלמי): החלטות הוועדה להנחות בארנונה בעיריית ירושלים מעלות חשש כבד להטיה פוליטית. ההתייחסות לגופי ימין או גופים דתיים וחרדיים הינה התייחסות מקלה ונעשה כל מאמץ לאשר את בקשת ההנחה, ואילו כאשר מדובר על גופים פלורליסטיים ליברליים נדמה שהמאמץ הוא הפוך, נעשה כל מאמץ שלא לאשר את ההנחה בטענות שונות ומשונות שאינן נכונות עובדתית ומשפטית. לא ייתכן שההנחה נשללת ממרכז רוסינג, שעוסק בקירוב בין הדתות וחתירה לשלום, בטענה כי מדובר בגוף פוליטי שפועל כמיסיון, דברים משוללי יסוד, ואולם ההנחה לפורום קהלת, שהוא גוף פוליטי במהותו, מאושרת. כך גם לגבי רשות הרבים, שעוסקת ביהדות ישראלית ליברלית, מכינת מבוע, וגופים ליברליים נוספים. אנחנו באיחוד הירושלמי לא מתכוונים להשלים עם ההחלטות. נבקש דיון חוזר, נפנה לממונה על המחוז ובמידת הצורך נגיע יחד עם כל הגופים לבית המשפט.מעיריית ירושלים נמסר: אין קשר בין זהות המבקשים לבין החלטות הוועדה להנחות בארנונה. עיריית ירושלים מבקשת להבהיר כי בקשות להנחה בארנונה מטופלות בצורה מקצועית ואובייקטיבית בלבד. ועדת הנחות בארנונה הינה ועדה עירונית אשר דנה בהמלצות הדרג המקצועי, שבודק כל בקשה המוגשת על ידי עמותה לגופו של עניין. המלצות הדרג המקצועי מתבססות על קריטריונים מצטברים שנקבעו על ידי המחוקק ומפורטים בחוזר מנכל פנים 5/2019. קריטריונים אלו, הכוללים את הגדרת 'מוסד מתנדב לשירות הציבור', הם היסוד הבלעדי לקבלת ההחלטות.הוועדה מסתמכת על מסמכים רשמיים שהוגשו על ידי העמותות, וכן על חוות דעת מקצועית של משרד רואי חשבון חיצוני, המלווה ומבקר את התהליך כולו. כל עמותה שבקשתה נדחתה רשאית להגיש בקשה לממונה על המחוז במשרד הפנים לצורך בחינה מחודשת.