לאחר הסתבכותה של הפרקליטה הצבאית הראשית לשעבר, האלופה יפעת תומר-ירושלמי, סביב פרשת ההדלפות והחשד לשיבוש החקירה, מתגברת הביקורת בתוך פרקליטות המדינה - שם לא כולם שלמים עם החלטת היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה לנהל בעצמה את החקירה.
בצוות המצומצם של היועצת עומדים מאחורי ההחלטה שלא לפסול את עצמה מהטיפול בפרשה. הנימוק המרכזי: מאחר שהיועצת המשפטית לממשלה התחייבה בעצמה בפני בג"ץ לפקח ולייעץ בנושא בדיקת ההדלפה, הרי שמעורבותה היא חלק מובנה בתהליך. עם זאת, במערכת המשפט יש מי שמזהירים כי אם המשטרה תעמיק לבדוק האם הבדיקה בפרקליטות הייתה רשלנית, מוטה או מטויחת - עלול להיווצר מצב שבו היועמ"שית תידרש לאשר גביית עדות מעצמה או מאנשיה, מה שיציב אותה בניגוד עניינים מובהק.
גורמים בפרקליטות טוענים כי עדיף היה ליועצת המשפטית לסגת מהמעורבות הישירה, כדי למנוע פגיעה באמינותה ובמאבקיה מול שר המשפטים יריב לוין. לדבריהם, "אם תוותרי בנושא הזה, תתחזקי בעניינים אחרים".
הפצ"רית בחקירתה: "לא יודעת היכן הטלפון שלי"
בתוך כך, הפצ"רית טענה בפני החוקרים כי לא ניסתה במודע להשמיד את מכשיר הטלפון הנייד שלה - ראייה מרכזית בפרשה, אלא שהמכשיר פשוט נפל ואבד. בתשובה לשאלה היכן נמצא הטלפון, השיבה תומר-ירושלמי: "לא יודעת".
בשנת 2015, שם תת-ניצב אפרים ברכה קץ לחייו ובמקביל הטלפון האישי שלו נעלם. דבריה העלו בקרב חלק מהמעורבים זיכרונות מפרשת ברכה, עם זאת, תנ"צ ברכה ז"ל הלך לעולמו כאדם חף מפשע. בפרשה הנוכחית מדובר בטלפון שעלול להכיל ראייה משמעותית.