הרשויות ביפן מעריכות כי ראש הממשלה לשעבר שינזו אבה נרצח משום שהחשוד בירי סבר שיש לו קשר עם "כנסיית האיחוד", הפעילה בדרום קוריאה וגם ביפן. לפי הדיווחים במדינה, אימו של הרוצח, טסויה יאמגאמי, העניקה תרומה גדולה לכנסייה "שהרסה לחלוטין את המשפחה" לדעתו. הוא החליט לפגוע באבה, מכיוון שחשב שיש לו קשר לכנסייה. בחקירתו הודה כי הוא "נטר טינה לארגון שבו היה חבר אבה".
"כנסיית האיחוד", או בשמה המלא "אגודת רוח הקודש לאיחוד הנצרות בעולם" היא דת שמושפעת מהנצרות ומדתות אסיתיות שונות, ומוגדרת לעיתים בתור כת. היא הוקמה ב-1954 על ידי סאן מיאנג מון בקוריאה הדרומית, ויש לה מאות אלפי מאמינים גם ביפן.
הבוקר הובאה גופתו של אבה לטוקיו לקראת הלווייתו שתתקיים בימים שני ושלישי. ההלוויה תתקיים במקדש בטוקיו, והנוכחות תהיה מוגבלת לבני משפחה ולאנשים הקרובים לאבה. רכב שחור נשא את גופתו לשכונת מגוריו בבירת יפן, כאשר במקום המתינו אבלים רבים, ביניהם מחוקקים רבים ממפלגתו כמו גם ממפלגות יריבות.
רצח אבה, זמן קצר לפני הבחירות לפרלמנט ביום ראשון זעזע את האומה, והעלה שאלות האם הביטחון של ראש הממשלה לשעבר היה הולם. אף על פי שכבר לא כיהן בתפקיד, אבה עדיין היה בעל השפעה רבה במפלגה הליברל-דמוקרטית השלטת, ועמד בראש הפלג הגדול ביותר שלה. עם זאת, דעותיו השמרניות הפכו אותו לדמות מפלגת בעיני רבים.
ביום האחרון של הקמפיין לפני הבחירות לפרלמנט, הוצב גלאי מתכות במקום שבו ינאם ראש הממשלה פומיו קישידה בעיר בדרום המדינה, אמצעי אבטחה יוצא דופן ביפן, יחד עם נוכחות משטרתית מוגברת.
"הוא נראה מאוד עצבני, חשתי שהוא לא רוצה ליצור אינטראקציה עם אנשים", סיפרה לרויטרס בעילום שם שכנתו של החשוד, בת 69, שפגשה אותו לאחרונה במעלית הבניין ביום רביעי סביב השעה 16:20 (שעון יפן). "כשאני חושבת על זה עכשיו, זה היה נראה כאילו משהו מטריד אותו. אני חושב שהייתה לו כנראה איזושהי טינה ממושכת כלפי פוליטיקאים".
"אני המומה מכך שדבר כזה קרה בנארה", אמרה נצומי ניוואה, עקרת בית בת כ-50 לאחר שהניחה פרחים עם בנה בן ה-10 סמוך לזירת הרצח בתחנת הרכבת במרכז העיר. מאות אנשים עמדו בתור כדי להניח פרחים ליד שולחן שהוצב במקום, ובו תמונה של אבה נושא נאום.
מלבד האבל ברחבי יפן, גם בעולם מכה הרצח גלים, ומנהיגי כל העולם מגנים אותו ומששתפים באבל הכבד במדינה. נשיא סין, שי ג'ינפינג, שלח את תנחומיו לראש ממשלת יפן, והביע את צערו על ההתנקשות. "התעצבתי מאוד לשמוע על מותו הכה פתאומי, בטרם עת", מסר נשיא סין. מוקדם יותר גינה גם נשיא ארה"ב ג'ו ביידן את הרצח, ואמר לראש ממשלת יפן כי הוא "מזועזע" מההתקשות.
מהדיווחים והסרטונים שהחלו לצוף ברשתות החברתיות עולה כי אבה נורה בצווארו ונפצע גם באזור עצם הבריח. צוותי החירום הבהילו אותו בדחיפות לבית החולים – אך שם נקבע מותו לאחר זמן ממושך שבו נאבקו הרופאים על חייו. גם הירי עצמו תועד מכמה זוויות. באחת מהן אף ניתן לראות כיצד הנואמים על הבמה, ובהם אבה, כורעים ומתכופפים - שניות לאחר שנשמע קול ירי ונראה פיצוץ במקום. אבה התמוטט בזירה כתוצאה מהירי ופונה במסוק לבית החולים.