אחרי החתימה על ההסכם לשחרור החטופים הישראלים מעזה, צה"ל החל במבצע הצבאי שקיבל את השם "כנפי דרור". מעשית המבצע החל עוד לפני החתימה, עם הקמה של מתחמים וצוותים ייעודיים לשלבים השונים של האופרציה, שבה ישתתפו מאות רבות של חיילים.
במסגרת המבצע נבנו שני מתחמי קליטה ייעודים בכרם ושלום וברעים. החטופים שיימסרו מהצלב האדום לידי הצוותים של צה"ל יפגשו במתחמי הקליטה צוותי רפואה לצד גורמים טיפוליים נוספים. לאחר מיון ראשוני הם יילקחו לבסיס חצרים שם יעברו טיפול רפואי לפי הצורך ופגישה מעמיקה עם גורמי מקצוע וגורמי ביטחון. משם, הם יוטסו במסוקים לבתי החולים ויתאחדו עם בני משפחותיהם.
עם סיום דיוני ההיערכות פקודות החלו לזרום ליחידות השונות שיהיו מעורבות במבצע, שמטרתו להבטיח את הגעתם הבטוחה של החטופים לבתי החולים בישראל ולמפגש הראשון שלהם עם בני המשפחה, שחיכו למעלה משנה ושלושה חודשים לחזרתם. "זה אירוע שונה מהחזרה של החטופים בנובמבר לפני שנה", אמר ל-mako קצין בכיר, "ההבנה היא שנתמודד עם מקרים הרבה יותר קשים ממה שהיו אז לכן נבנתה כאן מעטפת רב-ממדית ומקצועית, בשיתוף משרדי הממשלה הרלוונטיים".
האנשים הראשונים שהחטופים יפגשו עם מסירתם מידי הצלב האדום, יהיו אנשי צה"ל ומערכת הביטחון. צה"ל הקים לצורך זה צוותים שמורכבים ממספר בעלי מקצועות בתחום הנפשי, הרפואי, הביטחוני ועוד. "לצוות הזה יש שני תפקידים עיקריים", אמר קצין שמשתתף במבצע. "לקבל אותם בחום ועם חיוך. לבצע אבחון ראשוני של מצבם כדי להעביר כמה שיותר מהר את המידע לצוותים שבהמשך השרשרת, כדי שידעו לתת מענה מהיר ואיכותי להמשך התהליך. ההבנה היא שיהיו חטופים שנהיה חייבים להעביר כמה שיותר מהר לבתי החולים". מטרת הצוותים ומתחם הקליטה שצה"ל הקים תהיה להוציא אותם ב"אופן רך" מההלם שהם צפויים להיות בו ולאפשר קליטה רכה ויעילה.
כבר ביום רביעי בבוקר החלו לרדת הפקודות בחיל האוויר, הרפואה, לוגיסטיקה ומערכים נוספים שיהיו מעורבים במבצע "כנפי דרור". חיל האוויר יהיה מרכיב מרכזי במבצע, תפקידו יהיה לספק תצפית ואובטחה של תהליך העברת החטופים לישראל, ובנוסף מעטפת שתאפשר הטסה מהירה של חטופים לבתי החולים עם מסוקים בליווי צוותי רפואה ותמיכה. בטייסות המסוקים של חיל האוויר החלו להתכונן למבצע עוד לפני שהפקודות ירדו. "משימה ערכית שכולם נלחמים כדי להשתתף בה", אמר גורם בחיל האוויר.
צה"ל יחד עם עובדים סוציאליים, פסיכולוגים ובעלי מקצוע נוספים נערכו גם מבחינה תקשורתית, לאור הניסיון ולקחי העבר. המבצע הנוכחי נותן מענה גם בתחום הזה, על ידי דובר צה"ל ויחידות נוספות, כדי לשמור על הפרטיות של החטופים ובני המשפחה שלהם.
היערכות נוספת היא של יחידות כמו אית"ן, הרבנות הצבאית ואחרות, שתפקידן יהיה לקבל את גופות החטופים שנרצחו בשבי חמאס. גם כאן, צה"ל ומשרדי הממשלה הרלוונטיים בנו תיק יחד עם המשפחות כדי לזהות אותם במהירות ובדיוק על פי ממצאים פורנזיים ואחרים. צה"ל וגורמי הרפואה ובריאות הנפש ילוו את המשפחות של החטופים שנרצחו בשבי, כדי לנסות להקל עליהם ככל הניתן ולייעל את התהליך המורכב והקשה. גם כאן ינסו לייצר בועה שתגן עליהם תקשורתית.
ההבנה בצה"ל היא שמדובר בעסקה שונה מאוד מהקודמת, בגלל מצבם של החטופים החוזרים אחרי 15 חודשים בשבי ארגון טרור אכזרי, משך שלבי העסקה וכמות החטופים שישוחררו, לצד מרכיבים נוספים. צה"ל, יחד עם המשטרה ושב"ס גם יהיה אחראי על העברתם של מאות המחבלים שישוחררו לשטחי יהודה ושומרון, עזה ולחו"ל. המבצע הזה כולל גם אבטחה ופעילות שתמנע חסימה של צירים ואפשרות שמפגינים ינסו להגיע למחבלים המשוחררים.
במקביל לכל זה, אגף המבצעים (אמ"ץ) יקבע את מיקומי הכוחות ברצועת עזה במהלך כל שלבי העסקה. עד לרגע האחרון צה"ל ממשיך בלחימה בעזה, ותוקף בעיקר מהאוויר כאשר הכוחות על הקרקע קיבלו הוראה לשמור על זהירות יתרה מתוך ההבנה שהמלחמה הזאת הולכת לקראת סיום ולמנוע נפגעים מיותרים עד לכניסת הפסקת האש לתוקף ביום ראשון.
"מעבר לעניין המקצועי, כל לוחם ומפקד יגיד לך שזאת זכות להיות שותף למבצע הזה", אמר אחד מהקצינים שמשתתפים במבצע "כנפי דרור". הוא הוסיף ש"כל מה שעשינו בעזה ועכשיו נועד לרגע הזה בדיוק ואתה מבין שאתה שותף לאירוע היסטורי שלעולם לא נשכח. מרגש, פשוט מרגש. כל דיון שהיה הרגשתי צמרמורת בגוף מההתרגשות וזה עוד לפני שראינו את החטופה הראשונה".