השיטפון החריג שפקד את אזור הדרום ביום ראשון הסב נזק כבד ביותר לשמורת הטבע עין גדי. מדובר באירוע שלא נראה שנים רבות באזור. בפרק זמן קצר מאוד ירדו כ-35 מ"מ גשם, ועם סיום השיטפון בוצעה בדיקה ראשונית בשטח השמורה שהצביעה על פגיעה משמעותית ורחבה במקום. שבילי טיול רבים נעלמו באופן מלא וחלקם נפגעו משמעותית מהסחף ועוצמת הזרימה.
בית הכנסת העתיק בעין גדי הוצף כולו במים ובמקום יידרשו פעולות שימור, שחזור ושיקום על מנת לתקן את הנזקים הכבדים. בנוסף, כלל אמצעי העזר נפגעו באופן משמעותי. הכבישים המובילים לשמורה והכבישים בתוכה נפגעו וידרשו פעולות תיקון והסדרה.
גם תשתיות החשמל, הביוב, המים ומבני השירותים ניזוקו. השיטפון החזק פגע במקביל בצמחייה הייחודית בשמורה, וברשות הטבע והגנים מבצעים סקרים לאומדן ומיפוי הנזקים בשטחי השמורה.
"מדובר באירוע חמור מאוד עם השלכות רבות", מסר גורם ברשות הטבע והגנים. "אנחנו מבצעים אומדן נזק, ומעריכים כי נדע אותו ממש בקרוב. מה שבטוח שייקח זמן רב לשקם, וגם נצטרך לבדוק גאולוגית ובטיחותית, אך מקווים שנוכל לפתוח את השמורה בהקדם האפשרי".
ניר ונגר ראש המועצה האזורית תמר, הוסיף: "נווה עין גדי, שמקבל כמיליון מבקרים בשנה ספג נזקים כבדים באירוע השיטפונות האחרון. שמורת הטבע הקיבוץ וכל הנווה, התמודדו עם מקרה קיצון של 31 מ"מ גשם ב-10 דקות, שהביא לחסימה וקריסה של חלקים בכביש 90, שינוי דרמטי בשמורת הטבע, הרס מוחלט של תשתיות הטיול וההנגשה של השמורה ופגיעה באתרי תיירות ושירותים לקהל.
"המועצה האזורית תמר, יחד עם רשות הטבע והגנים, רשות ניקוז ים המלח וקיבוץ עין גדי, עדיין עוסקים בבדיקת אומדן הנזק ומתכוונים לקדם תוכנית שיקום וחיזוק האזור הקסום, על מנת שיוכל לחזור לפעול במהירות האפשרית, כמו גם להיות מוכן לאירועים דומים בעתיד".
בשטח עין גדי יש ארבעה מעיינות שנובעים כל ימות השנה ומקיימים נווה מדבר ייחודי - הגדול ביותר בישראל. סביב פלגי המים והצמחייה השופעת חי עדר גדול של יעלים, וזהו מקלטם העיקרי בישראל. המקום הפך למוקד משיכה מרכזי עבור המטיילים בארץ ובמהלך השנה החולפת ביקרו בשמורה כ-318 אלף מבקרים. על מנת להפחית את ההשפעה של עומס המטיילים במקום הוסדרה מערכת שבילי טיולים, ונעשו פעילות לשיקום ולשימור נוף הצומח במדרון עין גדי, בהיותו בית גידול ייחודי בנווה המדבר.