בעקבות ההתרעות שנשמעו במהלך הלילה בכל רחבי הארץ עם תחילת המבצע הצבאי באיראן, משרד התחבורה הודיע הבוקר כי המרחב האווירי של מדינת ישראל נסגר להמראות ונחיתות עד להודעה חדשה. גם ברשות שדות התעופה הודיעו כי נמל התעופה בן גוריון נסגר לפעילות נכון לשעה זו.
לפי הודעת משרד התחבורה והבטיחות בדרכים, נוסעים שהיו מתוכננים להמריא היום מנתב"ג מתבקשים שלא להגיע לנמל התעופה ולהישאר בביתם. עוד נמסר כי הודעה רשמית על פתיחת המרחב האווירי תימסר לכלי התקשורת לפחות שש שעות מראש. נוסעים ישראלים השוהים בחו"ל מתבקשים לעקוב אחר הודעות בתקשורת ובאתרי חברות התעופה לצורך קבלת הנחיות מדויקות על מועד טיסותיהם.
חברת התעופה הזהרה הראשונה שהודיעה כי היא מבטלת את הטיסות היא קבוצת אייר פראנס KLM עד להודעה חדשה. מדוברות החברה נמסר כי הם עוקבים באופן שוטף אחר ההתפתחויות ויעדכנו כשתתאפשר חזרה לפעילות. מערכות ההזמנות עודכנו בהתאם, וניתן לפנות לשירות הלקוחות לצורך שינוי תאריכי טיסה או קבלת החזר בהתאם למדיניות החברה.
שרת התחבורה, מירי רגב, מקיימת שיחות עם שרי תחבורה ממדינות שונות. היא עדכנה את מקביליה כי רשות התעופה האזרחית פועלת מול חברות התעופה הזרות, וכי הטיסות מנותבות לנמלי תעופה במדינות שכנות אשר תואמו והוכנו מבעוד מועד כחלק מהיערכות של משרד התחבורה למצב חירום.
רכבת ישראל הודיעה כי היא נערכת להפעלת רכבות מיוחדות לאורך השעות הקרובות, במטרה לסייע בהסעת הנוסעים הרבים שנתקעו בנתב"ג בעקבות ביטול הטיסות וסגירת המרחב האווירי.
חברת אל על הודיעה כי "לנוכח המצב, החברה מאפשרת אל על ללקוחותיה שהזמינו טיסות עד 13 ביוני (כולל) והמחזיקים בכרטיסי טיסה להמראות עד 28 ביוני 2025 (כולל) לבטל את טיסתם ולהמיר את הכרטיסים לשובר זיכוי למימוש עתידי. לקוחות אשר טיסתם בוטלה לנוכח המצב הביטחוני, יכולים לקבל החזר כספי. מדיניות זו תעודכן על פי הצורך. בנוסף, טיסות אל על המתוכננות להמראה עד 30 ביוני 2025 (כולל) נסגרו בשלב זה להזמנות חדשות במערכות ההזמנות וזאת עד להתבהרות המצב הביטחוני ומתוך רצון לתת מענה לישראלים שטיסתם בוטלה".
גם חברת ארקיע הודיעה על השבתת כלל פעילותה: "לאור המצב הביטחוני והנחיות פיקוד העורף ורשויות התעופה, ארקיע נאלצת להפסיק את פעילות טיסותיה עד להודעה חדשה", נמסר. "החברה עוקבת מקרוב אחר ההתפתחויות ופועלת בהתאם להנחיות גורמי הביטחון. נעדכן את הציבור על כל שינוי. ארקיע מצדיעה לכוחות צה"ל וכוחות הביטחון הפועלים לילות כימים למען ביטחון ישראל". מוקדם יותר דיווחה החברה על הסטת שתי טיסות, 992 מניו יורק וטיסה נוספת מקרואטיה, לנחיתה בנמל התעופה בלרנקה שבקפריסין. נוסעי הטיסות יועברו לבתי מלון עד להודעה חדשה.
ישראייר פרסמה הודעה מיוחדת לנוסעים ובה נכתב: "בעקבות הודעת משרד התחבורה, אנו מבקשים לעדכן כי המרחב האווירי נסגר עד להודעה חדשה, וזאת במטרה לשמור על בטיחותכם, שהיא בראש סדר העדיפויות שלנו תמיד. אנו מבינים את חוסר הוודאות, החשש והאכזבה שעלולים להתלוות לשינויים הבלתי צפויים הללו. נוסעים שהיו אמורים להמריא מתבקשים להישאר בביתם ולא להגיע לנמל התעופה. נוסעים הנמצאים בחו"ל – אנא עקבו אחרי העדכונים בתקשורת ובאתרי החברות. אנו שולחים תפילה מעומק הלב לשלום חיילי צה"ל ולשובם הבטוח לביתם".
חברת אייר חיפה הודיעה אף היא על ביטול כלל טיסותיה המתוכננות להיום (שישי, 13 ביוני), בהתאם להנחיות גורמי הביטחון ורשות התעופה האזרחית. "אנו מצרים על חוסר הנוחות לנוסעינו ופועלים בתיאום מלא עם הרשויות על מנת לעדכן את ציבור הנוסעים באופן שוטף בכל שינוי", נמסר מהחברה. "אנו מזמינים את לקוחותינו להתעדכן דרך אתר החברה וערוצי השירות. אייר חיפה מצדיעה לכוחות הביטחון וההצלה על פעילותם הבלתי פוסקת למען ביטחון אזרחי ישראל".
בשלב זה לא נמסר מועד לסיום הסגירה, ומרבית חברות התעופה הישראליות והבין-לאומיות פועלות במתכונת חירום. הנוסעים מתבקשים להישאר מעודכנים דרך האתרים הרשמיים של חברות התעופה, רשות שדות התעופה והתקשורת.